История создания сада начинается в 1915 году с проекта ландшафтного архитектора Э. А. Майера. Согласно его «Проекту устройства Народного сада при ночлежном доме имени Е. И. Мешковой» планировалось огородить площадь 3,3 га решеткой, а вдоль улиц, прилегающих к саду, устроить тротуары, обсаженные деревьями, и прежде всего липой. Главным украшением сада должны были стать окаймленные рабатками газоны правильной формы. К сожалению, реализовать данный проект помешали революция и Гражданская война.

В 1920-1921 гг. часть площади планируемого сада использовалась преподавателями и служащими университета под огороды. И лишь в 1922 году, по инициативе заведующего кафедрой морфологии и систематики растений доктора ботаники, профессора А.Г. Генкеля, начались работы по созданию нового ботанического сада Пермского университета. По замыслу профессора сад должен был стать базой для научных исследований. Для реализации данного проекта был выделен заболоченный, заваленный мусором пустырь площадью 2 га, расположенный перед фасадом главного университетского корпуса.

Под непосредственным руководством Александра Германовича Генкеля в первый же год был заложен дендрологический питомник, разбиты коллекционные участки и дендрарий. Здесь работали известные ученые – ботаники Д. А. Сабинин, В. И. Баранов, Е. А. Павский, внесшие своими исследованиями большой вклад в развитие биологических наук на Урале.

Сегодня коллекции сада включают около 6200 видов, форм и сортов древесных, кустарниковых и травянистых растений, произрастающих в открытом и закрытом грунте. На территории Ботанического сада создана экологическая тропа, устроены фрагменты модельных фитоценозов дальневосточной флоры, темнохвойного леса.

В саду организован сад камней, который состоит из яшмы, авантюрина, лиственита, змеевика, филлита и серпентинита. Камни привезены из различных уральских месторождений, и выложены в виде многоуровневого рокария.

В шести отделениях фондовой оранжереи посажено около трех тысяч видов и сортов растений из тропиков и субтропиков.

В открытом грунте высажены многочисленные коллекции гладиолусов, лилий, роз, ирисов, лилейников, флоксов и сортовой сирени. Особая гордость Ботанического сада – это 120-летняя, старейшая на Урале и в Поволжье, финиковая пальма, а также уникальная экспозиция-реставрация флоры Пермского геологического периода с деревом Ginkgobiloba– растением-символом Пермского края.

Ботанический сад включен в международную систему обмена коллекционным материалом и ежегодно публикует список семян, предлагаемых для обмена. Ботанический сад является важным центром учебной, научной и культурно-просветительской деятельности в г. Перми и Пермского края. Для населения ежегодно проводится до одной тысячи обзорных и тематических экскурсий по экспозициям открытого и закрытого грунта, организуются выставки растений.

В 2022 году исполнилось 150 лет со дня рождения Александра Германовича Генкеля, ученого-ботаника, заведующего кафедрой морфологии и систематики растений, основателя Ботанического сада Пермского университета. Одна из улиц студенческого городка носит его имя.

В настоящее время Ботанический сад имени профессора А. Г. Генкеля входит в состав регионального Совета ботанических садов Урала и Поволжья, имеет статус научного учреждения и особо охраняемой природной территории. Основными научными направлениями работы являются: интродукция и акклиматизация растений, выведение и отбор новых форм и сортов, наиболее стойких и продуктивных в местных условиях.хитектора Э. А. Майера.